این شورا بر اساس اساسنامه مصوب پژوهشگاه، با ترکیب رئيس پژوهشگاه (رئيس شورا)، معاون پژوهشي پژوهشگاه (نایب رییس و دبیر شورا)، سایر معاونین پژوهشگاه، روسای پژوهشکده ها، مدیران گروه‌های پژوهشی و یک تا سه نفر از اعضاء هيأت علمي داخل یا خارج از پژوهشگاه فعالیت می نماید.
شورای علمی بر اساس اساسنامه، بررسی و تصویب برنامه‌های علمی کوتاه‌مدت، میان‌مدت و بلندمدت، نظارت بر ميزان پيشرفت طرح‌های پژوهشی و آموزشی، تأیید عناوين کتاب‌های علمی جهت انتشار و نظارت بر انتشار نشریه‌های علمی و پژوهشی، بررسی و تصویب طرح‌های توسعة پژوهشگاه جهت ارائه به هیأت امناء جهاددانشگاهی، تعیین خط‌مشی پژوهشگاه برای ارتباط علمی با سایر مراکز آموزشی و پژوهشی داخل و خارج کشور و سازمان‌های بین‌المللی، در محدوده ضوابط و مقررات کشور، را بر عهده دارد.
اعضای شورای علمی:
- دکتر سید علی آذین (رئیس شورا)، (.M.D)
- دکتر محمدرضا صادقی (دبیر شورا)، (.Ph.D)
- دکتر شاهین آخوندزاده (.Ph.D., M.D)
- دکتر محمد باباشمسی (.Ph.D)
- دکتر مجید ترحمی (.M.D)
- دکتر محمود جدی تهرانی (.Ph.D)
- دکتر لیلی چمنی تبریز (.M.D)
- حمیدرضا خرم خورشید (.Ph.D)
- دکتر محمد راسخ (.Ph.D)
- دكتر حجت‌اله رباني (.Ph.D)
- دکتر امیرحسن زرنانی (.Ph.D , .D.M.T)
- دكتر ابوالفضل شيرازي (.Ph.D)
- دکتر علی صادقی تبار(.D.M.T)
- دكتر رامين قهرمان‌زاده (.Ph.D)
