این شورا بر اساس اساسنامه مصوب پژوهشگاه، با ترکیب رئيس پژوهشگاه (رئيس شورا)، معاون پژوهشي پژوهشگاه (نایب رییس و دبیر شورا)، سایر معاونین پژوهشگاه، روسای پژوهشکده ها، مدیران گروه‌های پژوهشی و یک تا سه نفر از اعضاء هيأت علمي داخل یا خارج از پژوهشگاه فعالیت می نماید.

شورای علمی بر اساس اساسنامه، بررسی و تصویب برنامه‌های علمی کوتاه‌مدت، میان‌مدت و بلندمدت، نظارت بر ميزان پيشرفت طرح‌های پژوهشی و آموزشی، تأیید عناوين کتاب‌های علمی جهت انتشار و نظارت بر انتشار نشریه‌های علمی و پژوهشی، بررسی و تصویب طرح‌های توسعة پژوهشگاه جهت ارائه به هیأت امناء جهاددانشگاهی، تعیین خط‌مشی پژوهشگاه برای ارتباط علمی با سایر مراکز آموزشی و پژوهشی داخل و خارج کشور و سازمان‌های بین‌المللی، در محدوده ضوابط و مقررات کشور، را بر عهده دارد.